В него войдут 20 команд, которые  поделены на «Золотую» и «Серебряную» группы. Соревнования пройдут по системе «осень-весна» в два этапа – с июля/августа по ноябрь и с марта по май/июнь соответственно.

Соревнования в «Золотой» и «Серебряной» группах на первом этапе пройдут по круговой системе «каждый с каждым» в два круга – матч дома и матч в гостях. Всего по 18 туров в обеих группах.

«Золотая» группа во втором этапе также будет представлена 10 клубами, однако произойдет ротация. Участниками станут:

• 6 клубов, занявших 1–6 места в итоговой таблице «Золотой» группы на первом этапе;
• 4 клуба, занявших 1–4 места в итоговой таблице «Серебряной» группы на первом этапе.

При этом клубы, занявшие по итогам первого этапа в «Золотой» группе 7-10 места, теряют право участия во втором этапе этой группы. Теперь они получают возможность соревноваться во втором этапе «Серебряной» группы сезона 2024 года.

Клубы, занявшие 1–2 места в итоговой таблице «Золотой» группы во втором этапе, получают право участвовать в Первой лиге сезона 2024-2025 в случае получения ими лицензии РФС-2. Занявшие 3 последних места клубы по итогам первенства Первой лиги сезона 2023-2024 попадают в первый этап «Золотой» группы Второй лиги дивизиона «А» сезона 2024-2025.

Команда, занявшая по итогам «Золотой» группы на втором этапе 3 место, получает право сыграть переходные матчи для участия в Первой лиге сезона 2024-2025 с клубом, который занял 1 место в итоговой таблице «Золотой» группы Второй лиги дивизион «А» сезона 2023-2024 на первом этапе. По одной игре дома и в гостях. Победитель получает право участвовать в Первой лиге сезона 2024-2025 годов. Проигравший клуб получает право участвовать в первом этапе «Золотой» группы в сезоне 2024-2025.

А клубы, занявшие 7-10 места в итоговой таблице «Золотой» группы на втором этапе, теряют право участвовать в первом этапе данного соревнования в сезоне 2024-2025, при этом они могут участвовать в первом этапе «Серебряной» группы.

По результатам второго этапа «Серебряной» группы в следующем сезоне второго этапа «Золотой» группы смогут участвовать клубы, занявшие 1-4 места в итоговой таблице.

«Серебряная» группа на втором этапе соревнований будет состоять из 10 следующих клубов:

• 4 клуба, занявших 7–10 места в итоговой таблице «Золотой» группы на первом этапе;
• 2 клуба, занявших 5–6 места в итоговой таблице «Серебряной» на первом этапе;
• 4 клуба, занявших 1 места в итоговых таблицах своих групп «переходной» Второй лиги дивизиона «Б» сезона 2023 года.

При этом клубы, занявшие по итогам первого этапа Второй лиги дивизион «А» сезона 2023-2024 в «Серебряной» группе 7-10 места, теряют право участвовать во втором этапе Второй лиги дивизиона «А» сезона 2023-2024. Команды смогут стать участниками Второй лиги дивизиона «Б» сезона 2024 в случае получения ими лицензии РФС-3Б.

Участниками «Серебряной» группы Второй лиги дивизион «А» сезона 2024-2025 годов на первом этапе соревнования будут 10 клубов, которые сохранили или приобрели право участия в данном соревновании.